Клоога был одним из крупнейших лагерей в системе Вайвара и действовал дольше прочих лагерей, с сентября 1943 года по 19 сентября 1944 года. В отличие от большинства других лагерей, лагерь Клоога не был связан со сланцевой промышленностью на востоке Эстонии – заключенные Клоога трудились в первую очередь на имевших важное военно-экономическое значение деревообрабатывающем производстве и производстве бетона.

В 1942 году в Харьюском уезде примерно в 25 километрах от Таллинна на месте бывшего лагеря Ягала вооруженных сил Эстонии полиция безопасности и СД Германии построила лагерь для евреев. На непосредственное управление лагерем были уполномочены эстонские служащие полиции безопасности Германии. Охранниками лагеря были также эстонцы. Лагерь в Ягала являлся временным и не был предназначен для долгосрочного содержания узников или организации принудительных работ.