Большинство из оставшейся в Эстонии приблизительно тысячи евреев в начале немецкой оккупации по-прежнему жили в Таллинне, меньше их было в Тарту и Пярну. За некоторыми единичными исключениями эти люди были арестованы и убиты в течение последующих шести месяцев, до января 1942 года. Точное число погибших установить невозможно.
Поименно зафиксировано более 900 эстонских евреев, убитых в Эстонии в период немецкой оккупации, из них более 500 человек – из Таллинна, более 150 – из Тарту и более 130 – из Пярну. О конкретных обстоятельствах убийств сохранился минимум информации.
В Литве и Латвии немецкие оперативные группы СС (айнзацгруппы) через пропаганду «жидобольшевизма» с переменным успехом пытались организовать еврейские погромы и массовые убийства евреев. По замыслу командира действовавшей в этом регионе оперативной группы А бригадефюрера СС Франца Вальтера Шталекера, надо было создать впечатление, что местные жители сводят счеты с большевиками и евреями по собственной инициативе, без принуждения со стороны немецких властей.
В Эстонии сложилась иная ситуация. В обзоре деятельности оперативной группы сказано, что организовать погромы в Эстонии не удалось, в качестве причины указывалась слабая пропаганда. По утверждению служившего здесь командира немецкой полиции безопасности и СД в Эстонии штурмбаннфюрера СС Мартина Зандбергера, предотвращение погромов в Эстонии было частью проводившейся им политики.
Хронологически уничтожение эстонских евреев можно условно разделить на два этапа. На первом этапе, начиная с середины июля 1941 года, пока общего приказа об аресте всех евреев еще не поступало, их арестовывали вместе с другими местными жителями в ходе общих акций по зачистке тыла после перехода региона под контроль вермахта.
Эти акции совершались по распоряжению немецких военных властей, но аресты и последующие убийства проводились в основном эстонскими лесными братьями, членами Омакайтсе и недавно назначенными полицейскими. Евреев отделяли от остальных арестованных и убивали всех без исключения. Порядок вынесения им смертных приговоров еще не был установлен, однако формальное исполнение смертного приговора было возложено на плечи эстонских чиновников, решения которых должна была заверить местная немецкая полевая комендатура или действовавшая на месте особая команда 1а (зондеркоманда) оперативной группы СС.
На втором этапе, с 10 сентября 1941 года, началась систематическая реализация немецкой антиеврейской политики в Эстонии. Всем, что касалось евреев, занималась зондеркоманда СС (с 05.12.1941 г. из нее были сформированы немецкая полиция безопасности и СД в Эстонии). Новый порядок не предусматривал немедленную депортацию всех евреев, сначала к ним применялись «традиционные» ограничения: им запрещалось пользоваться общественным транспортом и посещать учреждения, они должны были носить одежду с опознавательной нашивкой в виде желтой звезды, у них конфисковывали имущество и т. д. Командир зондеркоманды 1а Зандбергер пытался представить процесс «миротворчества» как абсолютно законную деятельность и запустил бюрократическую процедуру, призванную легализовать антиеврейские акции в глазах местного населения. Публичные расправы и массовые убийства беззащитных женщин и детей мгновенно отвратили бы только что спасшееся от советского террора местное население от немецкой оккупационной власти, к которой оно первоначально испытывало доверие. Для начала был составлен полный список евреев. В задачи сформированной из эстонцев политической полиции входили арест евреев, формальное дознание и оформление предложения о решении, которое направлялось на утверждение в немецкую полицию безопасности. Зачастую для обвинения было достаточно определения национальности: «Еврей». Арестованных евреев-мужчин держали в Батарейной тюрьме, женщин и детей отправляли в лагерь Харку под Таллинном.
Убийства на основе составленных немецкой полицией безопасности списков, вероятно, совершала сформированная из эстонцев зондеркоманда. Общая ответственность за совершенные убийства лежит на действовавших здесь немецких военных властях и командовании зондеркоманды 1а (Мартин Зандбергер). За деятельность в данный период т. н. политической полиции Эстонии несут ответственность прежде всего возглавлявший ее Роланд Лепик и командиры зондеркоманды Александер Коолмейстер и Луха (имя не установлено).
В отношении непосредственно уничтожения эстонских евреев сохранился минимум прямых свидетельств. Вероятно, последних из них, женщин и детей из таллиннской общины, убили не позднее января 1942 года. 20 января в Германии на Ванзейской конференции территория Эстонии была объявлена «свободной от евреев». По данным еврейской общины Эстонии, на родине немецкую оккупацию пережили всего восемь евреев.