После установления немецкой оккупационной власти в Эстонии начались репрессии против расовых и политических противников гитлеровского режима. Политический террор советской оккупации, предшествовавшей немецкой, пробудил в эстонском обществе стремление отомстить, послужившее почвой для поддержки террора нового оккупационного режима.

Массовые аресты продолжались с лета 1941 до начала 1942 года. За это время было арестовано около 10 тысяч человек, большинство из них обвинили в большевистских настроениях и/или сотрудничестве с советской властью. Около тысячи арестованных были местными евреями, и вина более трети из них заключалась только в их национальности.

Начиная с 1942 года репрессии продолжались в меньших масштабах. Всего от немецких репрессий в Эстонии пострадали более 20 тысяч эстонских граждан и жителей страны. Некоторых отпускали после проведения предварительного следствия, но чаще всего людей приговаривали к тюремному сроку от 6 до 12 месяцев. Около 30% арестованных были приговорены к смерти. Многие из приговоренных к смерти были бойцами истребительных батальонов НКВД, действовавших летом 1941 года, членами компартии и комсомола, работниками и секретными сотрудниками НКВД, НКГБ, органов безопасности Красной армии и Балтийского флота, другими активными сторонниками советской оккупационной власти. В ходе политических репрессий погибли около 7000 человек, большая часть из них – эстонцы. К ним следует прибавить евреев и цыган, убитых на расовой почве.

Расстрелы начались в период перехода власти, и в первые недели помимо подразделений немецкой полиции безопасности и армейских тыловых охранных отрядов в расстрелах участвовали и многие сформированные на местах группы самообороны. После установления регуляций немецкой оккупационной власти предложения о вынесении смертных приговоров вносились комиссией по планированию наказаний эстонской политической полиции (с 1942 года – эстонская полиция безопасности), находившейся в подчинении немецкой полиции безопасности. Эти приговоры одобрял глава немецкой полиции безопасности в Эстонии или один из его подчиненных. В июле и августе 1941 года некоторых заключенных убивали по решению импровизированных военных трибуналов или в порядке самосуда. В ряде случаев задним числом выносились также смертные приговоры, однако количество людей, которых расстреляли по решению военных трибуналов или просто убили, неизвестно.

Со второй половины 1942 года доля смертных приговоров заметно снизилась. В 1944 году основаниями для вынесения смертного приговора стали уклонение от немецкой мобилизации и дезертирство.