Цыгане поселились в Эстонии в XIX веке. Большую роль в этом сыграл изданный в 1839 году указ российского царя, в соответствии с которым цыгане должны были оставаться в отведенных им для проживания местах. Кочевавших по территории Эстонии цыган, прибывших сюда в основном из Скандинавии, в начале 1840-х годов собрали в приходе Лайузе в Восточной Эстонии. В дальнейшем в Эстонию прибывали новые группы цыган из России и Латвии, которые, в отличие от цыганской общины в Лайузе, были слабее связаны с Эстонией и в основном сохраняли кочевой образ жизни.

Перед Второй мировой войной в Эстонии проживало около 750 оседлых или полуоседлых цыган, большинство из которых были репрессированы в годы немецкой оккупации. В отличие от Латвии и Литвы, у немецкой оккупационной власти в Эстонии не было конкретной антицыганской политики, что позволило большинству здешних цыган оставаться в живых до середины 1943 года. Сначала в обращении с цыганами играл известную роль их социальный статус. А именно, немецкая оккупационная власть по-разному относились к кочевым и оседлым цыганам, и последних не обязательно подвергали репрессиям немедленно. Но кого считать кочевыми, а кого оседлыми цыганами, могло зависеть от произвола чиновников.

Отдельных цыган в Эстонии арестовали и расстреляли сразу после вторжения немецких войск летом 1941 года. Есть данные об убийствах цыган из Тарту, Пярну и Нарвы. Массовые аресты кочевых цыган были произведены в конце 1941 года и начале 1942 года. Известно, что в октябре 1942 года в лагере Харку было расстреляно около 250 заключенных-цыган, но не исключено, что той осенью цыган казнили и в других местах.

В первое время оседлых цыган помещали под наблюдение полиции и отправляли в трудовые лагеря. Отделять оседлых цыган от других перестали в начале 1943 года. Полиция должна была собирать всех цыган в уездных центрах и оттуда переправлять в Таллинн. К концу февраля в Таллиннской центральной тюрьме находилось уже более 500 эстонских цыган. Часть из них убили на полигоне Калеви-Лийва под Таллинном, судьба большинства неизвестна.

Общее число эстонских цыган, убитых во время немецкой оккупации, неизвестно. Вероятно, погибли более половины местных цыган. Однако по некоторым оценкам войну пережили всего лишь 5–6% представителей довоенной цыганской общины Эстонии.