После уничтожения местной еврейской общины немецкие власти в годы войны привезли в Эстонию около 12 500 евреев из других подвластных им стран. Незначительное количество евреев попало в местные тюрьмы или трудовые лагеря из лагерей советских военнопленных, где евреев отделяли от других заключенных и вывозили.
В 1942 году немецкая полиция безопасности организовала под Таллинном лагерь Ягала с эстонским персоналом, однако обстоятельства его создания и доставки туда евреев остаются неясными. Лагерь предназначался не для использования евреев в качестве рабочей силы, а для их уничтожения. Ни до, ни после этой акции Эстония не использовалась как место для уничтожения специально привезенных сюда евреев.
В сентябре в Эстонию двумя эшелонами доставили 2051 еврея из гетто Терезина (Терезиенштадт) в Чехословакии, а также из Франкфурта-на-Майне и Берлина в Германии. На железнодорожной станции Раазику из числа прибывших отобрали от 400 до 500 молодых людей и отправили их в лагерь Ягала. Остальных, всего около 1600 человек, убили уже в день прибытия на полигоне Калеви-Лийва недалеко от лагеря. Акцией руководили немецкая полиция безопасности и СД, но расстрел производила группа эстонцев, находившихся на службе у полиции безопасности.
Заключенных, доставленных в лагерь, использовали на различных работах, небольшими группами их отправляли работать и в другие места Эстонии. Евреев, которые заболевали или входили в конфликт с руководством лагеря, убивали. К сентябрю 1943 года лагерь закрыли, оставшихся в живых заключенных переместили в Таллиннскую центральную тюрьму (т. н. Батарейную). Позже часть женщин отправили в созданный в Эстонии концлагерь Вайвара, находившийся в подчинении Главного административно-хозяйственного управления СС, а в конце войны – в лагеря в оккупированной Польше и Германии. При участии персонала лагеря Ягала в Калеви-Лийва было убито всего 1800–2000 человек, помимо евреев также несколько десятков эстонских цыган. Известно, что из привезенных в Эстонию в сентябре 1942 года евреев войну пережили более 74 человек.
Размеры лагерей были очень разными – они варьировались в промежутке от десятков до тысяч заключенных. Периоды функционирования лагерей тоже различались – от нескольких недель до года. К 1943/44 году число заключенных превысило 9000 человек и затем вследствие высокой смертности стало сокращаться. К концу июня 1944 года в лагерях умерли по крайней мере 1500 евреев, такое же число нетрудоспособных заключенных отправили из Эстонии в другие лагеря, где они погибли. В лагерях оставалось еще 6600–6700 евреев. Начавшаяся летом 1944 года эвакуация сопровождалась убийствами нетрудоспособных и тех, кого не успевали эвакуировать. Из Эстонии вывезли более 3000 евреев-заключенных, остальных убивали немецкие особые подразделения, в основном в Эреда, Лагеди и Клоога.
Примерно так же, как евреев, привезенных в лагерь Ягала в 1942 году, в июне 1944 года в Эстонию без какой бы то ни было четкой цели доставили около 300 французских евреев. Этих людей привезли из лагеря Дранси под Парижем, откуда в 1942–1944 годах более 62 тысячи живших во Франции евреев 78 эшелонами депортировали в концлагеря на территории Польши. Только один эшелон, т. н. «Конвой 73», с 878 мужчинами в мае 1944 года отправили в литовский Каунас, часть из них повезли дальше, в Эстонию. Среди прибывших в Таллиннскую батарейную тюрьму сразу же провели первую селекцию, и около 60 самых слабых заключенных послали «на работу», откуда они не вернулись. Селекция продолжалась все лето, и в августе, когда перед наступлением Красной армии тюрьму ликвидировали, остававшихся там 34 французских евреев отправили в Штуттгоф. Из них только 20 мужчин встретили конец войны в Германии и затем вернулись в Париж, еще двое выживших остались в Литве.
При отступлении немецких войск из примерно 12 500 привезенных в Эстонию евреев в Эстонии остались около 100 человек, которым удалось избежать уничтожения в Клоога. По оценкам, здесь погибли или были убиты 7500–7800 человек, еще около 4600 заключенных были вывезены из Эстонии в другие лагеря, многие из них не дожили до окончания войны.
