Eestis kujunes mustlaste püsiasustus 19. sajandil. Selles mängis suurt rolli Vene tsaari 1839. aastal antud korraldus, mille kohaselt pidid mustlased neile kindlaksmääratud kohtades paikseks jääma. Eesti alal rändlevad mustlased, kes olid siia tulnud peamiselt Skandinaaviast, koondati 1840. aastate algul Laiuse kihelkonda Ida-Eestis. Edaspidi saabus Eestisse uusi mustlasrühmi Venemaalt ja Lätist, kes erinevalt Laiusel kujunenud mustlaskogukonnast olid Eestiga nõrgemini seotud ning säilitasid enamasti rändava eluviisi.
Teise maailmasõja eelsel ajal elas Eestis umbes 750 paiksest või poolpaikset mustlast, kellest enamik represseeriti Saksa okupatsiooni aastatel. Erinevalt Lätist ja Leedust puudus kohalikel Saksa okupatsioonivõimu esindajatel konkreetne mustlasvastane poliitika, mis võimaldas suuremal osal mustlastel siin 1943. aasta keskpaigani ellu jääda. Mustlaste kohtlemisel mängis esialgu teatavat rolli nende sotsiaalne staatus. Nimelt käsitles Saksa okupatsioonivõim rändavaid ja paikseid mustlasi erinevalt, viimaseid ei pruugitud kohe represseerida. Aga keda loeti rändavate ja keda paiksete mustlaste hulka, võis sõltuda ametnike suvast.
Üksikuid mustlasi arreteeriti ja lasti Eestis maha juba kohe pärast Saksa vägede sissetungi 1941. aasta suvel. Andmeid mustlaste hukkamiste kohta on nii Tartust, Pärnust kui Narvast. Massilisemalt võeti rändavaid mustlasi kinni 1941. aasta lõpus ja 1942. aasta alguses. Teadaolevalt lasti vangistatutest ligi 250 maha 1942. aasta oktoobris Harku laagris, aga võimalk, et mustlasi hukati samal sügisel ka mujal. .
Paiksed mustlased allutati esialgu politseilisele järelevalvele ja saadeti sunnitöölaagritesse. Erisuste tegemine paiksetele mustlastele lõpetati 1943. aasta alguses. Politsei pidi kõik mustlased koondama maakonnakeskustesse ja toimetama edasi Tallinna. Veebruari lõpuks oli Tallinna Keskvanglas juba rohkem kui 500 Eesti mustlast. Osa neist hukati Tallinna lähedal Kalevi-Liiva polügoonil, aga enamiku saatus ei ole teada.
Saksa okupatsiooni ajal hukkunud Eesti mustlaste koguarv ei ole teada. Tõenäoliselt kaotas oma elu üle poole kohalikest mustlastest. Mõningatel hinnangutel võis aga sõja üle elada vaid 5–6% sõjaeelsest Eesti mustlaskogukonnast.