Pärast Saksa okupatsioonivõimu kehtestamist algasid Eestis repressioonid Hitleri režiimi rassiliste ja poliitiliste vaenlaste vastu. Saksa okupatsioonile eelnenud NSV Liidu okupatsiooni poliitiline terror oli tekitanud Eesti ühiskonnas kättemaksuiha, mis oli toetuspinnaks uue okupatsioonirežiimi terrorile.
Massilised arreteerimised kestsid 1941. aasta suvest 1942. aasta alguseni. Selle ajaga arreteeriti ca 10 000 inimest, kellest enamikku süüdistati bolševistlikus meelsuses ja/või koostöös Nõukogude võimuga. Umbes tuhat arreteeritut olid kohalikud juudid, kellest rohkem kui kolmandikul oli süüdistuseks ainult nende rahvus.
1942. aastast jätkusid repressioonid väiksemas ulatuses. Kokku kannatas Saksa repressioonides Eestis üle paarikümne tuhande Eesti kodaniku ja elaniku. Osa vabastati pärast eeluurimise lõppu, kuid levinuim karistus oli 6–12-kuuline vangistus. Kuid umbes 30% arreteeritutest mõisteti surma. Suur osa surmamõistetuist olid 1941. aasta suvel tegutsenud NKVD hävituspataljonide võitlejaid, kommunistliku partei ja komsomoli liikmed, NKVD, NKGB, Punaarmee ja Balti laevastiku julgeolekuorganite töötajad ja salajased kaastöölised ning teised NSV Liidu okupatsioonivõimu aktiivsed toetajad. Poliitilistes repressioonides kaotas oma elu ligikaudu 7000 inimest, kellest suurem osa olid eestlased. Neile lisanduvad rassilistel põhjustel mõrvatud juudid ja mustlased.
Mahalaskmised algasid võimu ülemineku ajal ning esimestel nädalatel olid Saksa julgeolekupolitsei üksuste või sõjaväe tagalajulgestusüksuste kõrval mahalaskjateks ka paljud kohtadel formeerunud omakaitsegrupid. Saksa okupatsioonivõimu regulatsioonide kehtestamise järel tegi surmaotsuse ettepaneku Saksa julgeolekupolitseile alluva eesti poliitilise politsei (a-st 1942 nime all Eesti julgeolekupolitsei) karistuste plaanimise komisjon, mille kinnitas Saksa julgeolekupolitsei ülem Eestis või mõni tema alluv. 1941. aasta juulis ja augustis hukati osa kinnivõetuid ad hoc moodustatud sõjavälikohtute otsusel või ka omakohtu korras. Osal juhtumeist vormistati tagantjärele küll ka surmaotsus, kuid sõjavälikohtute otsusel hukatute või ka lihtsalt mõrvatute arv ei ole teada.
Alates 1942. aasta teisest poolest vähenes surmaotsuste osakaal tunduvalt. 1944. aastal lisandus surmaotsuste põhjusena Saksa mobilisatsioonist kõrvalehoidmine või deserteerimine.