Pärast kohaliku juudi kogukonna hävitamist tõid Saksa võimud sõja-aastatel Eestisse umbes 12 500 juuti mujalt enda valduses olevatelt aladelt. Vähesel määral juute sattus siinsetesse vanglatesse või sunnitöölaagritesse nõukogude sõjavangide laagritest, kus nad muude vangide hulgast välja selekteeriti ja ümber paigutati.
1942. aastal rajas Saksa Julgeolekupolitsei Tallinna lähedale eestlastest personaliga mehitatud Jägala laagri, kuid selle rajamise ja sinna juutide toomise asjaolud on jäänud ebamääraseks. Laager ei olnud ette nähtud kinnipeetavate tööle rakendamiseks, vaid nende hävitamiseks. Eestit ei kasutatud enne ega pärast seda aktsiooni spetsiaalselt sissetoodud juutide hävituspaigana.
Septembris saabusid kahe ešeloniga Tšehhoslovakkiast Terezini (Theresienstadt) getost ja Saksamaalt Frankfurdist Maini ääres ning Berliinist 2051 juuti. Raasiku raudteejaamas selekteeriti saabunute hulgast välja 400 kuni 500 nooremat, kes saadeti Jägala laagrisse. Ülejäänud, kokku umbes 1600 inimest, hukati juba saabumise päeval laagri lähedasel Kalevi-Liiva polügoonil. Toimuvat juhtis Saksa Julgeolekupolitsei ja SD, kuid mahalaskmisi viis läbi rühm julgeolekupolitsei teenistuses olnud eestlasi.
Laagrisse viidud kinnipeetavaid kasutati erinevatel töödel ning saadeti väikeste gruppidena tööle ka mujale Eestis. Haigestunud või laagri juhtkonnaga konflikti sattunud juudid hukati. Laager suleti 1943. aasta septembriks, selleks ajaks veel elus olnud kinnipeetavad paigutati Tallinna keskvanglasse (nn. Patarei vangla). Hiljem saadeti osa naisi Eestis asutatud SS´i majanduse ja halduse peaametile allunud Vaivara koonduslaagrisse, sõja lõpus aga okupeeritud Poolas ning Saksamaal asunud laagritesse. Jägala laagri personali osalusel hukati Kalevi-Liival kokku 1800–2000 isikut, lisaks juutidele ka mõnikümmend Eesti mustlast. 1942. aasta septembris Eestisse toodud juutidest elas teadaolevalt sõja üle 74 inimest.
Laagrite suurus ja tegutsemisperiood olid väga erinevad, jäädes vahemikku mõnekümnest kuni mitmetuhande kinnipeetavani ning tegutsedes mõnest nädalast kuni aastani. 1943/44 aasta vahetuseks ületas kinnipeetavate arv 9000 ning hakkas seejärel suure suremuse tõttu langema. 1944. aasta juuni lõpuks oli laagrites surnud vähemalt 1500 juuti, teist sama palju töövõimetuks muutunud kinnipeetavaid oli saadetud Eestist ära mujal asuvatesse laagritesse, kus nad hukkusid. Laagritesse oli jäänud veel 6600–6700 juuti. 1944. aasta suvel alanud evakueerimisega kaasnes töövõimetute või evakueerida mittejõutud juutide hukkamine. Eestist jõuti evakueerida üle kolme tuhande juudist vangi, ülejäänud mõrvasid Saksa eriüksused peamiselt Eredal, Lagedil ja Kloogal.
Mõneti sarnaselt 1942. aastal Jägala laagrisse toodud juutidega saadeti 1944. aasta juunis ilma selge sihita Eestisse umbes 300 Prantsuse juuti. Need juudid toodi Pariisi lähedasest Drancy laagrist, kust 1942–1944 deporteeriti 78 ešeloni enam kui 62 000 Prantsusmaal elanud juudiga Poola territooriumil asunud koonduslaagreisse. Ainult üks ešelon, nn. „Convoy 73”, 878 mehega saadeti 1944. aasta mais Leetu Kaunasesse ning osa neist edasi Eestisse. Tallinna Patarei vanglasse jõudnute hulgas viidi kohe läbi esimene selektsioon ning umbes 60 nõrgemat kinnipeetavat saadeti „tööle”, kust nad tagasi ei pöördunud. Selektsioonid jätkusid läbi suve ning augustis, kui vangla punaarmee sissetungi eel tühjendati, saadeti Stutthofi veel alles jäänud 34 prantsuse juuti. Sõja lõpuperioodi Saksamaal elas neist üle ja jõudis tagasi Pariisi 20 meest, lisaks kaks meest Leetu jäänud saatusekaaslastest.
Saksa vägede lahkudes jäi ca 12 500 siia toodud juudist Eestisse maha umbes 100 inimest, kes olid suutnud pageda Klooga massimõrva eest. Koha peal oli hukkunud või hukatud hinnanguliselt 7500–7800, ligikaudu 4600 vangi viidi Eestist muudesse laagritesse, kus paljud neist veel enne sõja lõppu hukkusid.
