Suurem osa Eestisse jäänud umbes 1000 juudist elas Saksa okupatsiooni alguses endiselt Tallinnas, vähem Tartus ja Pärnus. Välja arvatud üksikud erandid, võeti nad kinni ja hukati järgneva poole aasta jooksul jaanuariks 1942. Hukatute täpset arvu ei ole võimalik kindlaks teha.
Nimeliselt on fikseeritud üle 900 Eesti päritolu juudi hukkamine Saksa okupatsiooni aegses Eestis, neist üle 500 Tallinnast, üle 150 Tartust ning üle 130 Pärnust. Hukkamiste konkreetsete asjaolude kohta on säilinud minimaalselt informatsiooni.
Leedus ja Lätis püüdsid Saksa SS-i operatiivgrupid (Einsatzgruppe) „juudibolševismi” propaganda saatel vahelduva eduga organiseerida kohalike elanike juudivastaseid pogromme ning juutide massihukkamisi. Siin piirkonnas tegutsenud operatiivgrupi A komandöri SS-Brigadeführer Fraz Walter Stahleckeri idee kohaselt tuli jätta mulje, et arveteõiendamine bolševike ja juutidega toimub kohalikul initsiatiivil ilma Saksa võimude suunamiseta.
Eestis kujunes olukord teistsuguseks. Operatiivgrupi tegevuse ülevaates tõdeti, et Eestis ei õnnestunud pogromme korraldada, mille põhjuseks peeti vähest propagandat. Vahetult siin tegutsenud Saksa Julgeolekupolitsei ja SD komandöri Eestis SS-Sturmbannführer Martin Sandbergeri väitel oli pogrommidest hoidumine Eestis üks osa tema teadlikust poliitikast.
Eesti juutide hävitamine jaguneb ajaliselt tinglikult kaheks etapiks. Esimesel etapil alates 1941. aasta juuli keskpaigast puudus veel üldine korraldus kõigi juutide arreteerimiseks ning neid võeti kinni koos teiste kohalike elanikega üldiste tagalapuhastusaktsioonide käigus pärast piirkonna langemist Wehrmachti kontrolli alla.
Need toimusid Saksa sõjaväevõimude korraldusel, arreteerimiste ja hiljem ka hukkamiste vahetuks läbiviijaks olid enamasti eestlastest metsavennad, Omakaitse liikmed või ametisse seatud politseinikud. Arreteeritute hulgas olevad juudid eraldati ülejäänuist ning neid ootas eranditult ees hukkamine. Neile surmaotsuste langetamiseks ei olnud veel kindlaksmääratud korda, kuid surmsotsuse formaalne langetamine pandi eestlastest ametnike õlule, kelle otsused pidi kinnitama kohalik Saksa välikomandantuur või SS-i operatiivgrupi kohapealne erikomando 1a (Sonderkommando).
Teisel etapil alates 10. septembrist 1941 algas Saksa juudivastase poliitika süstemaatiline rakendamine Eestis. Kõik juutidega seonduv koondati SS-i erikomando kätte (alates 05.12.1941 moodustati SS erikomandost Saksa julgeolekupolitsei ja SD Eestis). Uus kord ei näinud ette kõigi juutide kohest deporteerimist ning nende suhtes rakendati esmalt „traditsioonilisi” kitsendusi: keelati ühiskondliku transpordi ja hoonete kasutamine, riietel tuli kanda kollast eraldustähte, omand konfiskeeriti jne. Erikomando 1a komandör Sandberger püüdis “rahuloomise” protsessi näidata täielikult seadusliku tegevusena ning käivitas selleks bürokraatliku protseduuri, mis pidi kohalike elanike silmis legaliseerima ka juudivastased aktsioonid. Avalik vägivald ja abitute naiste ning laste massimõrvamine kaotanuks äsja Nõukogude terrori alt pääsenud elanikkonna esialgse usalduse Saksa okupatsioonivõimude vastu koheselt. Nüüd koostati esmalt juutide täielik nimekiri. Eestlastest moodustatud Poliitilise politsei ülesandeks jäi nende arreteerimine, formaalne juurdlus ning otsuse ettepaneku vormistamine, mis läksid kinnitamiseks Saksa Julgeolekupolitseile. Sageli piisas süüdistuseks rahvuse määratlusest: „juut. Arreteeritud juudi mehi hoiti Patareis, naised ja lapsed viidi Tallinna lähedale Harku laagrisse.
Hukkamised viis Saksa Julgeolekupolitsei koostatud nimekirjade alusel tõenäoliselt läbi eestlastest formeeritud erikomando. Üldine vastutus toime pandud mõrvade eest lasub kohapeal tegutsenud Saksa sõjaväevõimudel ning erikomando 1a juhtidel (Martin Sandberger). Nn Eesti Poliitilise politsei tegevuse eest antud perioodil kannab vastutust eelkõige seda juhtinud Roland Lepik ning erikomandot juhtinud Aleksander Koolmeiter ja Luha (eesnimi tuvastamata).
Eesti juutide vahetu hävitamise kohta on säilinud minimaalselt otseseid andmeid. Tõenäoliselt hukati viimased neist, Tallinna juudi naised ja lapsed, hiljemalt 1942. aasta jaanuaris. 20. jaanuaril kuulutati Eesti territoorium Saksamaal Wannsee konverentsil „juudivabaks” piirkonnaks. Saksa okupatsiooni elasid kodumaal Eesti juudi kogukonna andmetel üle vaid kaheksa juuti.